В апреле 1941г. Большой театр был закрыт для проведения необходимых ремонтных работ. А через два месяца началась Великая Отечественная война. Осень 1941 года. Несмотря на сложную обстановку - шли жестокие бои за Москву на ближних подступах к столице - в замаскированном здании Большого театра непрерывно велись восстановительные работы. Во время Великой Отечественной войны здание театра, как и многие другие знаковые строения Москвы, были замаскированы под обычные дома. Таким образом, его пытались защитить во время бомбардировок. 
1941 был очень тяжелым для Большого театра. 14 октября 1941 года правительство, проявило особую заботу о сохранении творческих кадров и художественных ценностей эвакуировало работников Большого театра с их семьями в город Куйбышев (Самара). Здание театра в Москве опустело…
В эвакуации коллектив провел год и девять месяцев. 
22 октября 1941 г. в четыре часа дня в здание Большого театра попала бомба. Взрывная волна прошла наискось между колоннами портика, пробила фасадную стену и произвела значительные разрушения в вестибюле. Несмотря на тяготы военного времени и страшный холод, зимой 1942 г. в театре начались восстановительные работы.
В июле 1943 года артисты Большого театра вернулись в Москву. Выполняя свой долг перед Родиной, работники театра проводили спектакли и концерты в Фонд обороны страны, на постройку танков и самолетов. Они отдавали свои личные сбережения на подарки бойцам Красной Армии - всего было ими собрано более 3 300 000 рублей.
Непосредственно на фронт выезжало 16 бригад артистов театра, они дали около 2000 концертов. Артисты театра выступали на агитационных и мобилизационных пунктах, военкоматах, госпиталях. Всего за период войны артисты Большого театра дали свыше 10 000 шефских концертов.
Начавшие обслуживать фронтовые части под Москвой, артисты прошли с нашей армией весь ее славный путь - от Волги до Берлина.
В день победы - 5 мая 1945 года - ведущие мастера оперы и балета Большого театра участвовали в грандиозном концерте, данном на ступенях поверженного рейхстага.

Большой труд вложил в дело реставрации здания в военные годы архитектор А.П.Великанов. Он выполнил контрастную окраску кольцевых коридоров партера. Наружный коридор был окрашен светлым охристым тоном, примыкавший же к стене партера - в красный тон, создавший мягкий переход от лаконичной архитектуры коридоров к нарядному убранству зрительного зала. Несмотря на отсутствие многих необходимых для реставрации материалов, была произведена позолота орнаментального декора зрительного зала.
Полностью были восстановлены и фасады театра. К восстановлению фигур муз были привлечены скульпторы М.С.Рукавишников и С.В.Кольцов.
Театр залечил нанесенные ему войной раны и в сентябре 1943 года открыл сезон оперой "Иван Сусанин", патриотическая тема которой с особой силой прозвучала для зрителей, заполнивших в эти дни возрожденное к жизни здание.